СКР предъявил бизнесмену заочное обвинение в организации убийства Петухова и объявил его в международный розыск. Интерпол, со своей стороны, отказался выдавать ордер на его арест, мотивируя это политическим характером уголовного преследования экс-главы "ЮКОСа".

По версии следствия, Ходорковский, "являясь акционером и председателем правления нефтяной компании "ЮКОС", в 1998-1999 годах поручил подчиненным ему сотрудникам компании Леониду Невзлину и Алексею Пичугину, а также другим лицам убить мэра Нефтеюганска Владимира Петухова и управляющего компании "Ист Петролеум Хандельсгез м.б.х" Евгения Рыбина, чья служебная деятельность вредила интересам "ЮКОСа".

Так, по мнению следствия, убийство Петухова связано с тем, что тот требовал от НК возврата сокрытых от государства долгов, а покушение на Рыбина - с исками предпринимателя к "ЮКОСу" о взыскании ущерба, причиненного деятельности компании.

По этому уголовному делу уже осуждены Невзлин, Пичугин, Геннадий Цигельник, Евгений Решетников и Владимир Шапиро.

О возобновлении расследования по возбужденному в 1998 году делу в связи с вновь открывшимися обстоятельствами в СКР сообщили 30 июня 2015 года.

Пресс-секретарь Ходорковского Кюлле Писпанен ранее заявила "Интерфаксу", что заочный арест и объявление экс-главы "ЮКОСа" никак не отразятся на его жизни и передвижениях. "Михаилу Борисовичу все равно. Он свободный человек и не будет себя ограничивать ни в чем", - сказала Писпанен.

25 октября 2003 Ходорковский года был арестован по обвинению в хищениях и неуплате налогов. В 2005 году он был признан виновным в мошенничестве и других преступлениях. С учётом последующих обжалований общий срок заключения, назначенный судом, составил 10 лет и 10 месяцев. 12 ноября 2013 года Ходорковский, не признав своей вины, направил президенту РФ Владимиру Путину прошение о помиловании в связи с семейными обстоятельствами. 20 декабря 2013 года В.Путин подписал указ о помиловании.